历年来，由于化肥在粮食生产中的的特殊性，无论从生产、运输、销售等环节上，化肥均享有一定的优惠。但在市场经济发展中的现在，这些优惠在市场进程中逐步成为牵绊其发展的“鸡肋”。企业在“优惠”的保护下，车皮审核难度较大、节能减排首选化肥企业、计划内原料配额难到位，等等一系列的问题，让企业倍感压力。2012年以来针对放开化肥运价优惠的声音不绝于耳，其中我国中东部地区企业对于这一提议全面支持，一方面，随着运费的放开，周边资源流入量会相应减少，另一方面，公平待遇下，车皮审批将相对容易；但西部以及周边偏远地区表示压力较大，因当地需求有限，区域间资源流通性将有所下滑，且大部分流通环节的企业对于运费上涨的问题较为敏感，反对声为主。

  从农资的角度来看，运费的上涨，将直接作用于农民，用肥成本的上涨又将直接作用于粮食。年初国家发改委价格司、铁道部运输局召集部分大企业和相关协会征询意见，其中提及运费的上涨可以通过直补返还给农民。本身在这一问题上，补贴企业有悖于市场经济法则，备受争议。转移补贴对象将缓解企业的舆论压力，有利于化肥行业的健康发展，但前期是农资产品直补农民一定到执行到位。

  据卓创资讯统计显示，自1997年以来，铁道部修正运费价格11次，其中3次专门针对化肥运输价格调整，其中此次化肥运费上调幅度为13.7%，略低于2009年7月1日上调14.9%的幅度，但依然对农用化肥免征铁路建设基金。从这一角度来看，调整的幅度依然温和。

  在企业高呼化肥市场化的同时，我们不妨在审视一下这个行业的优惠，尽管资源税改革逐步深入，但化肥生产用电和天然气继续实行价格优惠，另外农用化肥免收增值税，作为销售领域的优惠措施，在这些背景下，化肥运费的问题变得相当渺小。化肥行业在完全市场化中才能健康发展是必然，但长期在温室中的化肥，在保护伞撤出后能否经得起风雨，仍值得业内深思，卓创预计铁路运费优惠取消仍将有很长的路要走。